phpMyAdmin
El más popular administrador Web para MySQL, esta herramienta esta en PHP y viene por defecto en las instalaciones XAMMP, su funcionalidad es muy buena y rápida, tiene características como: realizar consultas SQL, Backups, administración de BD, entre otras.

MySQL Workbench
MySQL Workbench es una herramienta visual de base de datos unificada para arquitectos, desarrolladores y administradores de bases. MySQL Workbench ofrece modelado de datos, desarrollo de SQL y herramientas completas de administración de servidor de administración de configuración, el usuario y mucho más.
Plataformas Compatibles: Windows, Linux y Mac OS.
Precio: Gratuito.
Versión de Prueba: 0 dias.
Fabricante: Oracle.
Sequel Pro
Sequel Pro es un aplicación de gestión de base de datos de Mac, rápido para trabajar con bases de datos MySQL.
Plataformas Compatibles: Mac OS X 10.5 Leopard o posterior
Precio: Gratuito.
Versión de Prueba: 30 días.
Fabricante: Sequel Pro & CocoaMySQL Teams
HeidiSQL
HeidiSQL es ligero, aplicación basada en Windows para administrar base de datos MySQL. Le permite ver y editar los datos, crear y editar tablas, vistas, procedimientos, triggers y eventos programados. Además, puede exportar la estructura y los datos ya sea para archivo SQL, porta papeles o en otros servidores.
Plataformas Compatibles: Windows
Precio: Gratuito.
Versión de Prueba: 0 días.
Fabricante: Ansgar Becker
Navicat for MySQL
Navicat for MySQL es una solución ideal para la administración y desarrollo de MySQL. Este extremo frontal MySQL todo incluido ofrece una interfaz gráfica intuitiva y de gran alcance para la gestión de bases de datos, desarrollo y mantenimiento. Se ofrece un conjunto completo de herramientas para aquellos que son nuevos en el servidor MySQL y sólo necesita su funcionalidad básica, o profesionales como usted.
Plataformas Compatibles: Windows, Linux y Mac OS.
Precio: Windows(99.00$-199.00$), Mac(79.00$ -179.00$) y Linux(79.00$ – 179.00$).
Versión de Prueba: 30 días.
Fabricante: PremiumSoft ™ CyberTech Ltd.